但由于无论是否尊重，都得先迎奉永历帝到贵州。且永历帝此时也没有拒绝大西军的资本了。于是，大西军余部与永历政权也就展开了合作。前面说了，永历帝与大西军合作前，已经是光杆司令了。他与大西军，名义上合作，实际上是寻求庇护。所以合作不久后，孙可望就派人请封，要求永历帝正式封他为秦王。孙可望的这个请封，其实很合理。
因为在与永历帝合作前，孙可望与李定国，就已经自立为王了。大西军平时都是以“国主”称呼孙可望。合作前是“一国之主”，合作后，如果连王爷都不是。孙可望还怎么带兵？大西军的将士会怎么想？然而永历帝身边的人大臣在一番讨论后，认为明朝没有封异姓为亲王的先例，竟然直接拒绝孙可望的请求，只同意封孙可望为景国公。这简直是作大死！从这件小事上就不难看出，南明灭亡，真不是清军有多能打。
而是南明内部实在是太过于腐朽了，完全不懂变通。大明养士276年，只是养出了一群废材。相比之下，多尔衮在八字还没一撇的情况下就敢连封几十个侯爵、公爵，一个王爵，借此收买人心。这才是干大事的人！后来，经过一番折腾（孙可望派人杀了三十几个反对他封王的大臣），孙可望被永历帝正式封为秦王。借着封王的春风，孙可望提出了一个三路北伐中原的方案，并派人联络郑成功和夔东十三家的领袖李来亨，共同北伐。
1652年，在准备工作完成后，大西军的北伐正式开始。李定国率部，两蹶名王，接连收复几十个州县，天下震动。这是继1648年后，南明抗清的又一个巅峰。但在李定国节节胜利的同时，孙可望却感到不高兴了。他对李定国很是嫉妒。屡屡设计坑李定国。这一来二去的，两人关系破裂。后来，李定国兵出广东，两次失利。孙可望经营湖南，被清军击败。
外战不利，内部又有矛盾。接下来，就是熟悉的剧情了——内战。1657年，孙可望亲率十万大军向李定国发动进攻。李定国当时仅三万人，双方力量对比十分悬殊。但孙可望的前锋大将白文选不愿内战，弃军投奔了李定国。于是孙可望惨遭大败，仅率50余骑逃走。之后，无处可去的孙可望投降清军，成为一个光荣而且高效的带路党，并将西南的底细和盘托出，告诉了清军。
得知大西军的底细后，清军遂下定决心，全力攻打云贵。而在清军出征前，孙可望连写多封招降信，为清朝立下大功。1658年，清军多路出击，捷报不断。原大西军部众被迫缩入云南。等到所有人都回到昆明后，永历帝召集群臣开会，商议下一步行动。讲官刘范首先发言，他主张杀回巴蜀，依靠夔东十三家，经营陕洛地区。李定国主张杀回湖南，若不胜，再转移。
