实在不行，就退入越南，获取东南亚诸国的反清义士的支持，走海路到厦门，与郑成功汇合，共同抗清。刘范、李定国均主张先转移，再图恢复。但永历帝身边的官员多为云南本地人，如黔国公沐天波、权臣马吉翔等，他们都力主退守滇西，不愿意背井离乡。还认为一旦事急，就逃入缅甸。永历帝认为沐天波的建议好，便做出了留在云南的决策。
见永历帝决心已下，李定国只好少数服从多数。派出一部分兵力护送永历帝向滇西撤退。自己率仅存的万余人，阻击清军。随后，清军攻陷昆明。李定国部署了自己人生的最后一局——磨盘山伏击战。按李定国的想法，就算抗清无法成功，也要一战灭吴三桂的主力。但这次伏击战，由于南明光禄寺少卿卢桂生潜出告密。吴三桂在得到消息后，火速下令急退，没有成功。
伏击战变成了追击战。而打追击战，清军兵多将广，李定国才万余人，根本没优势。因此一番追击战下来，清军损失惨重，李定国的部队也是损失惨重。此战后，南明大势已去。永历帝带着残余逃往缅甸。李定国寻找永历帝无果，从此两人再也没碰面。就在清军集中全力攻打云南的同时，郑成功统率水陆军17万，在浙东与张煌言会师，两次大举北伐长江流域。
其中1659年的北伐，郑成功包围南京，打得江南为之震动。但由于种种原因，郑成功的北伐，全部以失败收场。李定国和郑成功，如果能有联动，或许南明不会那么快灭亡。但很可惜，历史没有如果。1661年，在屡次北伐失利后，郑成功被迫转战台湾，并成功收复台湾。但就在郑成功收复台湾不久后。1662年6月1日，永历帝在昆明遇害。
1662年6月23日，在听说永历帝遇害，儿子郑经在澎湖与四弟的乳母私通等噩耗后，郑成功急病而亡。死前大喊：“我无面目见先帝于地下”。一个多月后，李定国在得知永历帝被吴三桂勒死的消息后，披发徒跣，号诵抢地，两目皆血泪，大哭道：“我对不起大明，也对不起皇帝，我该怎么面对天下”。又半个月后，心灰意冷的李定国，病死于滇缅交接的勐腊。
临终前，他嘱咐儿子：“宁可死到荒郊野外，也不可投降。”至此，南明抗清的领袖级人物，全没了。1663年，清军集中兵力，对大陆上仅存的抗清武装，夔东十三家发起总攻。经过一年激战，大部分人战死。清军攻陷夔东十三家。李来亨拒绝投降，自缢而亡。李来亨死后，虽然郑经在东南沿海又坚持了近二十年。但南明史，早已经在1662年就画上了句号。
为什么明朝的杨慎所写的《临江仙》，会出现在罗贯中《三国演义》开篇词？
