说王阳明以首级论军功，部队是乌合之众，其中还有不少的土匪，这些人攻入南昌城后，趁夜色滥杀无辜，很多居民被杀死在床，甚至被灭门，冒领军功，等到天亮，王阳明入城时，已经死了几万居民。好在后有《明史》据实而录了王阳明的严明军纪和实际战况，不然王阳明的“屠夫”之名恐怕永垂青史了。政见不同不相为谋至今所有史料均没有查到有王阳明致杨廷和的书信，做为曾主政一方的地方大员和长期担任内阁首辅的朝中重臣来说是极不正常的事，只能说明一点：王阳明不屑与杨廷和为谋。
除了学术和派系不同，他们二人之间也存在政见不合。首先，宦官刘瑾专权期间，杨廷和做为内阁大学士委曲求全，不敢与之斗争，处理政务能避则避，只是“稍作补救”。而王阳明在刘瑾逮捕南京给事中御史戴铣等二十余人时，不顾个人安危，仗义上疏责奸救忠，触怒刘瑾，被杖四十，谪贬贵州龙场驿栈驿丞。刘瑾还派杀手途中刼杀，幸亏王阳明假装落水而死逃得一命。
当然，杨廷和之所以委曲求全，也可能是他的政治手段或策略，为他日后寻机铲除刘瑾保存实力。其次，武宗驾崩，杨廷和扶持武宗堂弟藩王朱厚照继位，是为明世宗。随即便诬陷王琼“结交内待”下狱，后被流放。明世宗想追封自己的父亲为皇考以尽孝道，但杨廷和等以不合礼仪，坚持反对。心学一派进士张璁、侍郎王瓒进言“世宗继承皇位而非后裔”，被杨廷和贬谪。
明世宗想召支持他想法的王阳明进宫入阁，杨廷和担心王阳明对自己构战危胁，以国丧未竟不宜封进为由阻拦，使王阳明使去了进朝入阁的机会。再次，宁王朱宸濠造反之前已露端倪，一方面他大肆贿赂朝中大臣，除了王阳明的恩人王琼拒不接受以外，大多朝臣都受其恩惠，加上宁王的其它表现，坊间一度流传宁王要造反的传言。然而杨廷和却似乎没有任何察觉，不但没有引起警惕和做出防范，而且居然也接受了宁王的重金贿赂。
另一方面，宁王在南昌也积极收买和拉拢地方官员，王阳明自然也是他拉拢的对象。但王阳明机敏地意识到此中有玄机，便命学生冀元亨应邀前去，以讲学之名暗谕宁王晓以君臣大义，消除谋逆之心。“初，予尝使门人冀元亨者因讲学说濠以君臣大义，或格其奸”。冀元亨回来后告诉王阳明“濠必反，先生宜早计。”王阳明遂借口平寇，疏请“提督军务”大权，“意在濠也”。
兵部尚书王琼极力请求赋权于王，不久朱宸濠果然举兵反叛，朝臣皆骇，唯王琼胸有成竹：“王守仁据上游，蹑濠后，擒濠必守仁。”王阳明早有准备，数施计谋便使朱宸濠束手就擒。然而，此前讲学之举被人诬陷王阳明为通贼，不排除是杨廷和的主意，将冀元享严刑逼供，屈死下狱。王阳明终因证据不足而脱身，但名誉受损。杨廷和与王阳明都是明朝中晚期挽救大明颓局的栋梁之才，均不能以好坏论之，但二人因学术思想、派系政见的不同引发的争斗无疑不利于明朝的稳定。
