例如，理学强调“存天理、灭人欲”，而心学主张“心即理”，“天地虽大，但有一念向善，心存良知，虽凡夫俗子，皆可为圣贤”，从而不但把人欲和情欲从与“天理"的对立之中解放了出来，也将普通百姓纳入追求学问的范畴，而理学仅限于士大夫阶层。又如，理学强调“格物致知"，认为人的道德品质会随着知识的增长而提高，而阳明心学主张“知行合一”“致良知”，认为光有知识是不行的，必须以提高修养为目的，坚持把知识运用于实践活动。
就像一个人只知道孝顺的概念是不行的，只有付诸行动好好善待父母才是孝顺的真正意义。因此，实际上心学是对理学的挑战，由于心学大大拓宽了受众人群，王阳明的心学一经问世便展现出了强大的生命力，众多的学子为之折服，纷纷投在王阳明门下，许多的理学之士也改旗易帜转投心学，在老百姓之中更是受到普遍欢迎。面对心学对理学神坛地位的批判和挑战，杨廷和身为朝廷宰辅，自然而然地感受到了愈加严重的压力和威胁，为了保护自己的地位，在杨廷和的鼓动和支持下，一干理学大臣联合起来，共同抵制他们眼中的异端邪说一一心学以及它的开创者和信奉者，王阳明自然就成了他们眼中的首恶。
杨廷和与他的儿子都曾指名道姓地公开对王阳明心学指责和辱没，在政事之中更是寻遍各种理由对王阳明及其心学进行打击。派系争斗势同水火兵部尚书王琼和内阁首辅杨廷和属于两支不同派系，而且是生死对立的关系。王阳明的伯乐就是王琼。王阳明才干得以赏识并建功立业擢进仕途，都离不开王琼。之前，王琼对王阳明只闻其才、但加赏识，却从未谋面。
直到正德十一年江西多地盗贼蜂起，王琼大胆启用素未谋面的王阳明，举荐他为都察院左佥都御史，巡抚南赣汀漳等地，只用了两年时间便将江西、福建、广东交汇之处为害几十年的匪患彻底荡平，其用兵之“诡异”“狡诈”，被土匪和当地老百姓称之为“神”。正德十四年，宁王朱辰濠举兵谋反，广受宁王贿赂的朝中大臣惊慌失措，乱作一团，倒是未受贿赂的王琼十分镇静，调兵遣将，指挥若定，最关键的是他信任并重用王阳明。
王阳明率师在鄱阳湖大败叛军，于赣江下游樵舍港生擒宸濠，一举平定叛乱。王阳明奏书归功王琼，而只字不提内阁；内阁遍论功绩，却只字不提王琼。对此，王阳明拒受封赏，在《辞封爵疏》说：“王尚书未蒙显褒，而臣独冒膺重赏，是掩人之善矣”。这是王阳明与杨廷和的一次公开直接交手。但是，《武宗实录》的首任总裁杨廷和，却将王阳明南昌平叛写成大肆屠城。
