佩里舰队在递交国书后并未在日本过多逗留，日本方面悬着的心随着舰队的离去又放下了，尽管佩里离开时留下了“我会回来”的话，不过日本方面却是能拖一天是一天，说不定您老突发急性脑膜炎呜呼哀哉来不了了呢？也不知道这帮小鬼子咋想的？就算佩里真有三长两短，美国不会再派新人带队前来？事实上佩里并没突发急性脑膜炎，他于第二年再度来到日本。
幕府在审时度势后还是认定自己无力和美国对抗，于是在经过一番讨价还价之后双方于1854年3月31日签订了《美日神奈川条约》。尽管这一条约在中、日两国的历史教科书中都被定义为不平等条约，但其实日本既没割地也未赔款，只是开放了下田和函馆两处港口为美国捕鲸船补给和避风。尽管是在美军炮口下签订的条约，在面子上的确令日本很难堪，但其实并未对日本的国家主权有多少实质性侵犯，甚至从某种意义上而言：开放港口对日本也并非是完全无利可图的。
在与日本会谈期间佩里向日方赠送了火车模型和莫尔斯码电报机，日本并没像邻国中国那样将其视为奇技淫巧，而是迅速加以研究和仿制。日本人总是对新鲜事物充满浓厚的兴趣——事实上在佩里即将离开日本时发生了一段小插曲：两个日本人趁着月黑风高爬上了黑船并告知佩里希望和佩里一起去美国，去实地看看美国强大的原因。只想做生意而并不打算多生事端的佩里叫来了官府的人。
由于出洋是违反当时德川幕府的锁国制度的，所以这两个日本人被抓了起来。不久之后五月塾的佐久间象山也被官府抓捕，原来打算乘坐黑船偷渡美国的是一对师徒，其中的老师正是佐久间象山的弟子吉田松阴。尽管吉田松阴试图实地观察美国的愿望落空了，但日本的门户开放已是不可逆转的时代潮流：安政5年（1858年）6月江户幕府签订《日本国美利坚合众国修好通商条约》，7月与荷兰、俄国、英国，9月与法国缔结类似条约及贸易章程。
这些条约规定开放箱馆、兵库、长崎等五个港口，江户、大阪辟为商埠，可派驻领事等，从翌年7月起实施。条约还规定领事裁判权、协定关税率制度等，因而是不平等条约。当然在这一过程中日本也不是完全逆来顺受，当日本表现出不驯服时列强也会使用武力威胁：1862年英、法两国以保护侨民为由驻兵横滨。1864年英、法、美、荷四国组成联合舰队占领下关炮台，向幕府勒索300万美元的赔款。
1864年这四国又强迫幕府修改税率。至此日本成为列强的销售市场和原料供应地。由于外国工业品充斥市场，手工工场和手工业者受到严重排挤，破产和失业者日益增多，社会矛盾日益尖锐化。1859~1867年间日本爆发了96次农民起义，全国各地爆发了空前未有的市民暴动。在空前的民族危机时刻日本官方主导下自发的改革也开始启动了——过去我国一直将日本的明治维新同我国的洋务运动、戊戌变法进行对比并言之凿凿声称：我国近代化改革早于日本，理由就是我国是在1840年鸦片战争后开放的国门，而日本却是在1853年黑船来航后才打开国门，比我国晚了13年。
