不过，岩茶真正列入皇帝的御用贡品，是在元、明两朝。元代学者马端临写《文献通考》，史书和文人笔记列元代名茶四十余种。奇怪的是，少数民族入主中原，产茶区变化不大，但名茶的名称却完全不同主要包括：福建建州头金、骨金、次骨、末骨、粗骨，武夷茶，虔州泥片，潭州灵草、独行、绿芽、片金、金茗，袁州金片、绿英，歙州华英、早春、胜金、来泉，江苏阳羡茶，江南茗子，杭州龙井，江陵大石枕，饶州仙芝、福合、禄合、庆合、运合、指合、嫩蕊，岳州开胜、开卷、小开卷、大巴陵、小巴陵、生黄翎毛、光州东首、薄则、浅山，归州清口，沣州小大方、双上绿芽，荆湖雨前、雨后、草子、杨梅、岳麓等。
浙江顾渚山吉祥寺 原大唐贡茶院元亡明兴，贡茶制度仍然沿袭元朝，有所创新。明洪武二十四年（一三九一年），明太祖朱元璋颁诏，命全国各产茶之地，按照规定的每岁贡额，将贡茶缴送京师。同时，朱皇帝特地颁布一道诏书，将武夷山所属的福建建宁贡茶，列为贡茶上品。当时，武夷山贡茶被视为神品，建宁贡茶，四品最有名，茶名分别为：探春、先春、次春、紫笋。
朱皇帝喜爱建宁贡茶，特别下令，不许将这些贡茶碾捣为「大小龙团」，一定要按照新的制作方法，改制加工成为芽茶，及时入贡皇宫。据当时的学者徐献忠《吴兴掌故集》记载：「两浙茶产虽佳，宋祚以来未经进御。李溥为江淮发运使，章宪垂廉时，溥因奏事，盛称浙茶之美，云：自来进御，惟建州茶饼，浙茶未尝修贡，本司以羡余钱买到数千斤，乞进入内。
」明世宗时期，皇帝二十余年不上朝，政务荒疏。因御茶园疏于管理，一直十分兴旺发达的贡茶渐渐衰落。随着时光流逝，御茶园茶树枯败，茶业一落千丈。嘉靖三十六年（一五五七年），朝廷正式决定，武夷山岩茶停止进贡。御茶园从元代建立，至此停止进贡，前后历时二百五十五年。清人董天工编篡《武夷山志》，他在《贡茶有感》中这样感叹： 「武夷粟粒芽，采摘献天家。
火分一二候，春别次初嘉。整源难比拟，北苑敢矜夸。贡自高兴始，端明千古污。」意思是说，御茶园精制绝伦的贡茶，是地方官用来取悦天家皇帝的。茶马古道明代学者顾元庆写《茶谱》，许次纾写《茶疏》、《茶说》、《续茶经》等书。明代文人吟咏名茶的诗文很多，史料、笔记、诗文所列名茶，大约有五十余种。主要包括：湖州顾渚紫笋、绿花、紫英，邛州碧润、明月、茱萸尞茶，邛州火井、芽茶、家茶、孟冬、思安、夷甲，巴东真香，剑南蒙顶石花，蜀州麦颗茶、鸟嘴茶，渠州薄片茶，福州柏岩茶，建州先春茶、龙熔茶、石岩白茶，建南绿昌明茶，安徽六安皖西六安茶，歙县黄山茶，石台石埭茶，越州瑞龙茶，六安州小四同岘春茶，洪州白露茶、白芽茶，常州阳羡茶，婺州兴趣岩茶，袁州云脚茶，了山阳坡茶，黔阳高株茶、都濡茶，宣城了山瑞草魁，龙安骑火茶，江苏苏州虎丘茶，浙江杭州西湖龙井茶，临安浙西天目茶，长兴罗岕茶，分水贡芽茶，上虞后山茶，嵊县剡溪茶，乐溪雁荡龙湫茶，浙江余姚瀑布茶、童家岙茶，龙游安山茶。
