首先被李定这套组合拳打晕的竟是皇帝神宗。于是下旨：将苏轼谤讪朝政一案送交御史台根勘闻奏。苏轼到湖州任，是五月二十日，至七月二十八日，即被御史台逮捕解往京师，在任不过两个月零八天。解救苏轼苏轼在御史台狱，被关在一个独居的囚房里。御史要坐实其罪就要兴大狱，掌握置于苏轼死地的证据材料。御史何正臣缴进的是民间出售的版本，舒亶缴进的是“印行四册”，另外还有“元丰续添苏子瞻学士钱塘全册”。
为了继续打击保守派，御史们甚至把矛头对准司马光。他们把享有版权的苏轼作品，一条条进行勘问，这些内容都录在南宋编印的《乌台诗案》一书中。李定作为奉诏的主审之一，他对苏轼竟也佩服起来，“一二十年前所作诗文，引经援史，随问随答，无一字差错，此非奇才而何？”能让“敌人”佩服，苏轼的确有聪明才智。审来审去，苏轼的罪名无非就是“登科后，入馆多年，未能进擢，兼朝廷用人，多是少年，所见与轼不同，以此撰作诗赋文字讥讽，意图众人传看，以轼所言为当。
”而李定等，累列与苏轼相识的张方平、王诜、司马光、范镇等24人，认为“其人等与轼意相同，是与朝廷新法不合，及多是朝廷不甚进用之人，轼所以将讥讽文字寄与”。这些人也应该一并问罪。李定这是要打击一大片啊！只要给苏轼交往甚密的即是“罪行”。苏轼入狱后，杭州父老感念这个好官，为他作“解厄道场”，祈祷神灵保佑他平安无事。
事情至此，已经完全变了性质。北宋政事的混乱与腐败至熙丰之时 ，暴露无遗。苏轼看这群宵小之徒，欲置自己于死地，反而沉下心来，没有了开始的慌乱和对人生的贪恋，这种性格的变化其实反而救了自己。当时有一个狱卒，叫梁成，极富同情心，对苏轼进行了无微不至的照顾。苏轼见他诚恳，就托他把自己写的两首诗送给兄弟子由（苏辙）。
苏轼以为自己必死，所以有话要对兄弟说，诗人的境界不同，就用诗来表达，也是服了苏东坡：成也诗、败也诗，就是为诗而生的。诗曰：圣主如天万物春，小臣愚暗自亡身。百年未满先偿债，十口无归更累人。是处青山可埋骨，他时夜雨独伤神。与君世世为兄弟，又结来生未了因。柏台霜气夜凄凄，风动琅珰月向低。梦绕云山心似鹿，魂飞汤火命如鸡。
眼中犀角真吾子，身后牛衣愧老妻。百岁神游定何处，桐乡知葬浙江西。苏轼这是临终嘱托，留遗言呢。就这样过了两个月，总算勘问完毕，御史台把“案卷”，献给皇帝批示。要是从另一个角度来观察乌台诗案，对苏轼的人生来说，反而是好事，在这短短的两个月中，苏轼由天堂到炼狱，他的人生观点发生了天翻地覆的变化，他的人生哲学也有了质的飞跃。
