与布政使和按察使的关系一样，总督和巡抚虽然级别上有高低之分，但它们没有行政上的隶属关系。他们都直接对皇帝负责。区别只在于，总督往往统辖数省的行政、经济和部分军事权。而所有的巡抚都只统辖一省行政、经济和部分军事权。需要注意的是，虽然布政使和按察使是总督和巡抚的下级。但总督、巡抚对布政使、按察使没有任免权，只有评价权。
也就是说，朝廷考察布政使、按察使时，总督和巡抚的评价，能影响布政使、按察使的升迁或降级。但是，督抚不能直接任免藩台和臬台。二司长官的任免权，在皇帝手上。这一点在很多历史剧中也有演绎。比如《雍正王朝》中，江苏巡抚李卫要在辖区内推行“摊丁入亩”。他让江苏按察使落实政策，但按察使黄伦故意顶着不办。李卫无法撤换黄伦，最后只能想别的办法，才搞掉了黄伦。
清朝入主中原后，大体借鉴了明末官制。总督、巡抚、布政使、按察使，均保留。布政使依然是从二品。按察使依然是正三品。巡抚固定为从二品，与布政使一样。但如果巡抚加兵部待郎衔，则为正二品。总督固定为正二品，比巡抚高半级。但如果兼兵部尚书衔，则高配至从一品。打个不恰当的比方，如果说清朝的总督和巡抚相当于现在的省书记或省长。
那清朝布政使和按察使，就相当于副省长。既然是副省长，那布政使和按察使，自然就有助手了。布政使的助手，在明朝叫左、右参政。品级为从三品。左、右参政之下，还设有左、右参议。品级为正四品。按察使的助手，在明朝叫按察使副使。品级为正四品。按察副使之下，还有佥事。品级为正五品。这些左、右参政，左、右参议，按察副使，佥事。
其实就是“道台”的前身。他们的工作就是替布政使和按察使，下到府县巡查工作。负责收税和监督。只不过，他们当时的正式职务还是布政使参政或按察使副使，还不是道员。他们的身份也是布政使或按察使的属官。还不是独立的一级。清朝入关后，起初和明朝一样。但到了乾隆时期，估计考虑到布政使和按察使的工作任务也很繁重，无法对每一个州府厅都能做到有效的管理。
于是便干脆把各省划分为若干道，把布政使和按察使的副手派到各道坐镇。布政使派出的副手，叫“守道”。按察使派出的副手，叫“巡道”。另外，漕运总督和河道总督之下，也有道员派到各道，分别为“河道”和“粮储道”。于是，之前所谓的布政使左、右参政；布政使左、右参议、按察副使等职务，就全部一并取消了。只留下守道和巡道，全部统称为道员，一律为正四品。
