也有人说熟普是神秘的“生物食品”，因为它与真菌界是关系最为密切的茶叶种类。首先纠正一个观念，不要谈“菌”色变。很多菌都是有益的，并且可以食用。比如云南昂贵的松茸，也是菌的一种。而熟普的渥堆发酵过程中主要的“菌”有黑曲霉、产黄青霉、根霉属、灰绿曲霉、酵母属、细菌。黑曲霉是世界公认的安全具有可食用性的，广泛分布于世界各地的粮食、植物性产品和土壤中，是重要的发酵工业菌种。
在熟普的发酵渥堆过程中，黑曲霉数量处于优势地位，黑曲霉代谢产生的有机酸和酶对普洱茶品质的形成有着重要的作用。它可以分解包括多糖、脂肪、蛋白质、天然纤维、果胶和肥可溶性化合物等有机物。水解产物大多为单糖、氨基酸、水化果胶和可溶性碳水化合物，使茶叶内含有效成分易于渗出、扩散、为增强茶汤的滋味和形成普洱茶甘滑、醇厚的品质特色奠定了坚实的物质基础。
在普洱茶渥堆过程中其代谢产生的青霉素对杂菌、腐败菌有良好的消除和抑制生长作用。因此，产黄青霉对普洱茶醇和品质的形成有辅助作用。根霉菌的淀粉酶活力较高，能产生有机酸，还产生芳香的酯类物质，但由于分泌果胶酶能力强，普洱茶在熟茶渥堆中茶叶软化也与该霉滋生有关。根霉菌最适合的生长温度在20-30摄氏度，所以在渥堆中的每个阶段，控制好适当的温度和湿度，提高根霉菌的比例，有利于普洱茶粘滑和醇厚品质的形成。
灰绿曲霉会使食品腐烂变质，生产中应尽量避免菌群的滋生，在大生产中出现得较多，因此，控制堆温、改善制茶环境有利于纯正普洱茶品质的形成。在普洱茶渥堆中，由于湿热作用为酵母菌的代谢活动创造了良好的环境，增强了酶的活性，同时也给茶叶的化学成分变化提供了热源。加之霉菌能利用各种多糖作为碳源进行糖代谢，并产生大量的多糖和单糖，为酵母提供足够的营养后迅速繁殖。
当提供有利于酵母菌滋生的环境，使其迅速繁殖，加工中茶叶的品质表现为香甜、醇滑的特点。在普洱茶渥堆过程中，细菌数目极少，没有致病细菌，这是各种微生物之间拮抗作用的结果。如酵母和霉菌的大量繁衍，能抑制细菌的生长。同时，茶叶中的茶多酚也能抑制对人或动物有致病性的细菌的生长繁殖。由此可以说明，熟茶经过渥堆之后产生的菌类不会使之变成烂茶。
现在市场上的熟茶接受度越来越高，熟茶以其温和醇厚、甜润顺滑的特性征服了越来越多人的味蕾。然而茶小白挑选熟茶，总会被绕得晕乎，熟茶发酵度比较高，刚开始喝茶很难从中窥见原料，和发酵过程的痕迹。不像生茶，可以论年份论山头，然后去找到一款自己喜欢的产品。我认为不同的熟茶原料选择有差异，工艺特性也有差异，消费者可以从自己喝过的茶叶品牌入手，去选择适合自己的熟茶。
