宇智波一族和千手一族矛盾的根源可以归咎于黑绝在幕后的各种操作，火影主线剧情实际上一直延续着外星族群（大筒木一族）和火影主世界土著的斗争。在辉夜被两个儿子封印以后黑绝作为辉夜意识体的一部分一直在寻找机会复活辉夜，想要复活辉夜就必须拥有轮回眼让因陀罗和阿修罗的查克拉互相融合，因此黑绝一直是在制造因陀罗和阿修罗之间的矛盾。
按照岸本的设计因陀罗及其后裔痴迷于力量和权利，而阿修罗以及其后裔渴望和平，这样就有了推动剧情发展的矛盾点和看点。可以说宇智波一族和千手一族作为因陀罗和阿修罗后羿族群分支自然是承担了剧情发展需要的冲突点，火影的整体世界观还是希望人与人之间能够实现互相理解，因此作为权利欲望代表部分的宇智波族群自然是不可能有机会成为火影的，即使宇智波一族内并不是所有人都狂妄自大，但是实际上在以千手一族为主的木叶村宇智波一族的权利很难得到完全满足。
千手一族和宇智波依旧延续了因陀罗和阿修罗之间互相争夺的设定，在忍界战国时代，双方族群为了完成任务以及积累了很深的仇恨，虽然最后双方签订了和解协议，也只是为了避免族群实力因为过于频繁的完成任务造成实力过渡下滑而已。整体而言宇智波一族和千手一族相比还是处于劣势，否则宇智波斑不可能选择握手言和。再加上其他忍者族群加入木叶村的建立计划，让宇智波一族在木叶村管理层整体权重进一步下滑。
而且由于双方长期积累的仇恨导致双方之间无法完全信任对方（扉间干掉了宇智波斑的弟弟，宇智波斑要求柱间自杀让千手扉间一直对宇智波斑心存芥蒂，后面建立忍者村以后还是不愿意把管理权下放到宇智波一族手中），而宇智波斑也不傻，自然能够感知到千手扉间的想法，双方的矛盾进一步加深。千手一族和宇智波一族真正互相之间理解的人并不存在（由于设定导致因陀罗和阿修罗后裔互相之间会爆发矛盾），千手扉间担心如果宇智波一族掌权会对千手一族不利，因此一直阻止宇智波斑成为后续火影。
加上黑绝篡改了六道仙人留给宇智波一族的石碑，让宇智波斑误以为开启轮回眼发动无限月读是解决忍者世界争端的最终办法，也为后续宇智波一族失去木叶村管理层的信任留下了导火索。宇智波斑的性格特点是比较固执的（宇智波一族成员大多都是如此），即使千手柱间答应让宇智波不成为第二任火影，宇智波斑依旧想要脱离木叶村，寻找解决现实问题的其他办法，这个阶段如果宇智波斑聪明一点，答应柱间的请求，后续宇智波一族族人在木叶村的情况会好很多。
