这个环节是非常关键，至关重要的一关，是提高茶叶扦插成活率的一个关键环节。因为，茶叶剪刀口处，本身不易生根，没有通过消毒灭菌处理的扦插苗床的土壤，携带有许许多多的微生物。这些微生物就会侵入剪刀口，就会抑制茶叶插穗剪刀口处的生根能力，是导致茶叶扦插成活率低的重要原因之一。而这一点，往往总被操作扦插的人忽视或不重视，结果造成扦插成活率非常低，有时成活率接近于零。
具体的消毒灭菌办法有很多，最简单又有效的方法是，扦插苗床铺成整理好后，使用50%多菌灵可湿性粉剂1000～1500倍溶液，浇泼扦插苗床。另外，扦插苗床栽培土的配制也是提高扦插成活率的重要原因之一。苗床栽培土要求半沙半泥质，既疏松又保水的微酸性土壤。栽培土在扦插前必须晒土一周，日光爆晒后，初步消毒灭菌，再整床铺平，浇泼多菌灵消毒液，必须浇透栽培土层。
这一环节也是非常重要的一步。第二，插穗的选择处理。茶叶扦插的穗条一般都是选择当年生枝梢。扦插时间春季在发芽前进行，选择头年夏秋季新枝；秋季适宜立秋以后，避开高温季节，可以扦插，选择当年春梢作为插穗。扦插茶穗过老再生能力差，过嫩剪刀口处不易生根。茶叶枝梢选择好后，按每叶为一段，梗杆保留2～5㎝，最少保留一片完整叶片和1～2个腋芽。
剪好后的扦插茶穗，使用生根粉药液浸泡8～12小时，再扦插。生根粉品种有很多，常用的是萘乙酸、吲哚乙酸、吲哚丁酸等等，要依据指导剂量配制，不能随意增减。茶叶插穗的生根处理是非常关键的，通过药剂处理的，成活率可以达到95%以上，没有处理的成活率非常低，几乎接近于零。第三，苗床的水分管理。茶叶插穗扦插前浇透消毒灭菌水，扦插后浇少量的吸根水，一般在7天以后，再浇水一次，不必浇透，只保持栽培土表面潮湿即可。
在生根发芽前，要长期保持栽培土表面潮湿不干，并使用小拱棚覆盖，避免水分流失。每天在高温段，掲开小拱棚，通风换气一次，时间大约1～2小时。扦插的茶穗，大约20～30天，开始生根发芽。当新芽长出5～10㎝以后，去掉小拱棚，换上遮阳棚。第四，苗床的遮阳管理。插床去掉小拱棚后，要架设遮阳棚，使用黑色遮阳网，挡住太阳直射光，减小栽培土因高温干燥，新的芽叶灼伤死苗，降低成活率。
遮阳棚只遮挡强烈的太阳光，但必须有充足的散射光照。茶叶是喜光植物，新生的幼芽新叶需要光照进行光合作用，而又不能经受强烈的阳光，导致死苗，降低成活率。这个过程，茶农把它叫做“炼苗”过程。这个过程非常关键，眼看都已成活的茶苗，不要在炼苗时，没有考虑这一点，造成大面积死苗，功亏一篑。炼苗时间一般在20～30天左右，时间过长，遮挡太阳光，影响生长，时间过短，会降低成活率。
